No meio de uma crise conjugal, que o marido nem sabia que estava acontecendo, um casal se separa. O marido abandona Tóquio e passa a viver em seu carro, viajando pelo Japão. Pintor de retratos reconhecido no meio, ele acaba por conseguir uma casa que pertenceu ao famoso Tomohiko Amada. A casa fica nas montanhas, e lá ele pode se dedicar à própria pintura.
Nessa casa de paredes vazias, ele começa a ouvir ruídos estranhos e descobre um quadro inédito intitulado O assassinato do comendador. Ao tirá-lo de seu esconderijo, ele entra em um mundo estranho em que a ópera Don Giovanni de Mozart, a encomenda de um retrato, uma adolescente tímida e, claro, um comendador passarão a fazer parte de sua vida.
O assassinato do comendador, primeiro romance longo de Murakami após 1Q84, é ao mesmo tempo uma aventura emocionante pelo mundo da pintura e uma busca por aquilo que nos torna únicos.