Barcelona, 1957. É natal e os clientes são escassos na livraria Sempere & Filhos; as contas vêm se acumulando. É quando um homem com mão de porcelana visita a loja e compra o item mais caro: um exemplar raríssimo de O conde de Monte Cristo, onde deixa a dedicatória "Para Fermín Romero de Torres, que retornou de entre os mortos e tem a chave do futuro".
Este é o ponto de partida para que conheçamos mais da história de Fermín, incluindo seus anos no Castelo Montjuic, a prisão do governo Franco, na época gerenciada pelo nefasto Mauricio Valls. Com medo de que um segredo enterrado há vinte anos finalmente venha à tona, ele narra a Daniel suas tentativas de fuga da prisão, junto a um companheiro de cárcere.
O prisioneiro do céu é uma história sobre prisão, tortura, inveja, traição e assassinato, onde as tramas de A sombra do vento e O jogo do anjo convergem para a resolução do enigma escondido no coração do Cemitério dos livros esquecidos.